
Σύμφωνα με τον Διογένη Λαέρτιο όταν του ζήτησαν να θεσπίσει νόμους, αδιαφόρησε τελείως, επειδή είχε ήδη επικρατήσει κακός τρόπος κυβέρνησης της πόλης και πήγε στο ιερό της Αρτέμιδος κι έπαιζε με τα παιδιά αστραγάλους. Τελικά, μίσησε τους ανθρώπους και έφυγε για να ζήσει στα βουνά τρώγοντας χόρτα και βότανα. Επειδή όμως αυτό έγινε αιτία να αρρωστήσει από υδρωπικία, κατέβηκε στην πόλη και ρωτούσε αινιγματικά τους γιατρούς αν μπορούσαν μετά από πολλή βροχή να δημιουργήσουν ξηρασία. Οι γιατροί δεν καταλάβαιναν τι τους έλεγε και αυτός τάφηκε σ' ένα βουτοστάσιο ελπίζοντας πως η ζεστασιά της κοπριάς θα τραβήξει από μέσα την βλαβερή υγρασία. Όμως ούτε αυτό είχε αποτέλεσμα και έτσι πέθανε σε ηλικία εξήντα χρονών.
Ο Ηράκλειτος έμεινε στην ιστορία της φιλοσοφίας ως ο "σκοτεινός" φιλόσοφος λόγο της ερμηνευτικής δυσκολίας των έργων του. Ο Τίμων ο Φλιάσιος (σατιρικός ποιητής του 3ου αιώνα π.Χ) τον αποκάλεσε αινικτήν, δηλαδή αινιγματοποιό. Ο Αριστοτέλης είχε πεί για τον Ηράκλειτο "Είναι δύσκολο να προσδιορίσουμε τα γραπτά του Ηράκλειτου γιατί δεν ξέρουμε άν μια λέξη αναφέρεται σε αυτό που προηγείτα ή σε αυτό που ακολουθεί".
Το μοναδικό σύγγραμμα που γνωρίζουμε ότι άφησε ο Ηράκλειτος είναι με τίτλο "Περί φύσεως"το οποίο αποτελείται καθαρά από 92 αποσπάσματα και διαιρείται σε τρία μέρη : για το σύμπαν, για την πολιτική και για τη θεολογία. Το έργο αυτό γράφτηκε με ασάφεια για να γίνει κατανοητό μόνο από ικανούς ανθρώπους και αφέθηκε και αφιερώθηκε στο ιερό της Εφέσιας Αρτέμιδος, σύμβολο ελληνικού και ανατολικού πολιτισμού,πριν πάει να ζήσει ερμητικά μακριά από το κόσμο. Όταν ο Σωκράτης διάβασε το έργο του Ηράκλειτου είπε "αυτά που κατάλαβα είναι σπουδαία, νομίζω όμως ότι είναι εξίσου σπουδαία και αυτά που δεν μπόρεσα να καταλάβω. Ωστόσο χρειάζεται να είσαι ένας δεινός κολυμβητής σαν αυτούς από τη Δήλο για να μην πνιγείς μέσα στο βιβλίο του".